Ban giám đốc bệnh viện có 2 người, trong đó bác sĩ Phạm Văn Chính làm giám đốc kiêm Bí thư Đảng ủy. Tuy nhiên, kể từ lúc chia tách, ngành chức năng và cơ quan báo chí đã nhận không ít đơn khiếu nại tố cáo về các biểu hiện tiêu cực, thiếu tinh thần trách nhiệm trong khám chữa bệnh ở Bệnh viện Tánh Linh. Trong đó, có đơn tố cáo của ông Phan Minh Anh, Phó Giám đốc Bệnh viện Tánh Linh. Để làm rõ các nội dung trong đơn tố cáo, ngày 26/1/2007 Ban thường vụ Huyện ủy Tánh Linh đã thành lập đoàn kiểm tra theo quyết định số 513. Trong các ngày 29/9; 15/11 và 19/12/2007 Ban Thường vụ Huyện ủy Tánh Linh đã nghe đoàn kiểm tra báo cáo kết quả, thảo luận và đã thống nhất kết luận từng nội dung của đơn tố cáo đối với ông Phạm Văn Chính - Giám đốc Bệnh viện Tánh Linh.
Về nội dung tố cáo “ăn chặn” 50 triệu đồng tiền trực của nhân viên các trạm y tế được truy lĩnh trong năm 1998, giám đốc giữ lại 50%. Qua xác minh cho thấy tiền trực của nhân viên y tế được truy lĩnh từ tháng 1 đến tháng 12/1998 gồm 39 người của 8 trạm y tế, bằng 950 công, thành tiền là 15.629.935 đồng. 39 người đã kí nhận được thể hiện tại phiếu chi ngày 30/12/1998. Trong lúc đó các trạm y tế đã chấm công và UBND các xã đã xác nhận là 2920 công. Số tiền còn lại 55.442.000 đồng/1970 công, Trung tâm Y tế Tánh Linh làm tờ trình đề nghị Phòng Tài chính huyện và UBND huyện chuyển mục sang mua sắm một số trang thiết bị cho các trạm y tế còn thiếu. Nội dung tờ trình đã được UBND huyện chấp nhận. Như vậy, không thể nói ông Giám đốc “ăn chặn” tiền trực của nhân viên y tế xã. Tuy nhiên, việc quản lý, điều hành của giám đốc và việc ký duyệt để lại số tiền 55.442.000 đồng là không đúng nguyên tắc tài chính, thể hiện rõ là không có biên bản họp với trạm y tế; hồ sơ duyệt chi của giám đốc không có căn cứ để chứng minh thời gian trực tương ứng với số tiền được duyệt; trái lại có văn bản chấm công trực 100%; không thông qua UBND xã, thị trấn - nơi quản lý trực tiếp đối với nhân viên y tế của địa phương; giám đốc tự ý dùng mệnh lệnh để lại tiền chế độ trực đêm của 39 nhân viên y tế là trái nguyên tắc, gây thiệt hại đến quyền lợi của nhân viên có công trực các trạm y tế xã.
Việc sử dụng quỹ khen thưởng của giám đốc không bảo đảm dân chủ và quy trình thủ tục trước khi có quyết định khen thưởng cho tập thể, cá nhân dẫn đến lạm dụng quỹ khen thưởng, như: hồ sơ khen thưởng từ 2005-2006 không thông qua hội đồng khen thưởng và bản đề nghị của phòng, ban chuyên môn; sau khi có quyết định khen thưởng thì sử dụng tài chính không đúng mục đích như: giữ lại tiền để trả nợ cho các quán ăn, sử dụng một phần tiền thưởng để ngoại giao trong dịp tết hoặc tiếp khách của ban giám đốc… với tổng số tiền chi không đúng mục đích là 16.800.000 đồng. Một nội dung khác nữa là trong những năm qua ông giám đốc đã chỉ đạo, điều hành cấp dưới để được hưởng chế độ độc hại và đặc thù của ngành y tế với số tiền hơn 8,3 triệu đồng (từ 1/1999 đến 2/2005) là không hợp lý vì không đúng đối tượng. Ngoài những vấn đề nêu trên ông Phạm Văn Chính đã thiếu chỉ đạo, kiểm tra bộ phận hành chính quản trị nên đã dẫn đến vi phạm nguyên tắc trong việc quản lý biểu mẫu dự án. Đối với tài sản tập thể, giám đốc cũng thiếu chỉ đạo, kiểm tra chặt chẽ.. dẫn đến một số cá nhân khác chiếm dụng nguồn vốn tập thể ở quầy thuốc nội bộ trên 38.451.650 đồng và không rõ ràng, minh bạch trong việc hưởng tiền trích phần trăm từ Công ty CP Dược và vật tư y tế Bình Thuận hơn 46.592.417 đồng.
Từ những vấn đề nêu trên cho thấy trong quá trình lãnh đạo Trung tâm Y tế Tánh Linh, ông Phạm Văn Chính đã có nhiều cố gắng trong việc phát triển và nâng cao chất lượng công tác khám chữa bệnh, phục vụ sức khỏe nhân dân trên địa bàn huyện Tánh Linh. Song, ông Phạm Văn Chính đã mắc phải một số khuyết điểm, sai sót trong chỉ đạo điều hành. Qua kiểm tra theo đơn tố cáo, ngành chức năng không phát hiện dấu hiệu tham nhũng, nhưng một số trường hợp đã thể hiện rõ ông giám đốc vi phạm nguyên tắc quản lý tài chính, thiếu kiểm tra chỉ đạo chặt chẽ và thiếu cương quyết trong xử lý... nên để cho một số y- bác sĩ, nhân viên cấp dưới sai phạm về tài chính, thiếu trách nhiệm trong công tác khám chữa bệnh, chăm sóc sức khỏe nhân dân.
